Os Frades Menores Capuchinhos tem sua origem nos meados do século XVI. Para entendermos o seu surgimento vamos aos primórdios da história franciscana.O movimento franciscano teve como protagonista S. Francisco de Assis que nasceu no ano 1182 e era filho do comerciante Pedro Bernadone, que lhe trocou o nome de batismo, João por Francisco. Depois de uma juventude alegre e mais ou menos descompromissada, com a idade de 25 anos, sente-se tocado pela profunda experiência de Deus. Um dia enquanto rezava diante da imagem do Crucificado, na igrejinha, em ruínas, de S. Damião, sentiu dentro de si um forte chamado: "Francisco, vê e reconstrói a minha igreja". Logo em seguida rompe com o seu pai e renuncia tudo o que tinha diante da presença do Bispo. Durante três anos, mendigando o sustento e tido como louco, dedicou-se a reconstruir igrejas nas mediações de Assis, até que um dia, em 1209, ao escutar a leitura evangélica da missão dos discípulos, descobriu sua vocação definitiva: "viver segundo a forma do santo Evangelho". Abandonou o traje de peregrino, que até então havia usado, e apresentou-se vestido de uma túnica simples, cingido com uma corda, e com os pés descalços, anunciando o Reino de Deus e convidando à conversão. Foi nessa ocasião que se juntaram a ele os primeiros "companheiros", dispostos a compartilhar a mesma vida: Bernardo de Quintavalle, Pedro Cattani, Gil de Assis... O primeiro grupo que se uniu a Francisco tomou consciência de si mesmo e do compromisso evangélico, alojado no rústico abrigo de Rivo Torto; logo organizou a primeira saída apostólica. Rapidamente a fraternidade dos pobres voluntários foi aumentando com novos companheiros. Quando Francisco achou que o grupo havia entendido suficientemente o sentido da aventura evangélica, mediante a experiência da oração e das privações da pobreza, organizou a primeira missão formal. Dois a dois, marcharam por várias regiões da Itália, pregando e mendigando o sustento. Os sofrimentos que tiveram de suportar, nesta primeira saída, foram a primeira grande prova dos novos arautos da penitência. Francisco os consolava freqüentemente, durante esta penosa etapa inicial, com a visão otimista de que, com o passar do tempo, um grande número de homens de toda classe social e de toda nação se uniriam a eles.

          A Ordem, já com muitos frades, aos poucos vai criando divisões de grupos entre eles os mais conhecidos, conventuais e observantes, mas num grande leque de observâncias. Entre as grandes reformas nascidas no interior da Observância, consta a capuchinha, embora se apresente com características diversas e singularmente próprias. Seu iniciador e precursor involuntário foi frei Mateus de Bascio, um observante das Marcas que, desejoso de seguir S. Francisco na vida de pobreza, na pregação itinerante e na própria maneira de vestir, fugiu do convento de Montefalcone para ir pedir ao papa essa autorização. Tudo deixa entender que a conseguiu, mas apenas oralmente, sem um documento que desse fé, e isto o deixou em maus lençóis.Voltando às Marcas, seu provincial, João de Fano, o encarcerou como apóstata no convento de Forano. Tudo isto acontecia nos primeiros meses de 1525. Foi libertado do cárcere por intervenção da duquesa de Camerino, Catarina Cybo, que tivera ocasião de admirar a sua caridade no serviço aos doentes durante a peste de 1523. A ele se apresentou, no verão de 1525, o frei Ludovico de Fossombrone que, junto com seu irmão de sangue, frei Rafael, queria associar-se a ele no estilo de vida empreendido. Mas Mateus não os acolhe, porque não tinha faculdade para isso e, quem sabe, também porque os dois Fossombrone pensavam em levar uma vida eremítica morando num lugar solitário, e não em viver sem morada fixa, como era intenção de frei Mateus.

          Os dois primeiros documentos da Santa Sé referentes aos iniciadores da reforma capuchinha são da primeira metade de 1526; com o primeiro, de 8 de março, o papa ordena a captura dos apóstatas Ludovico, Rafael e Mateus; com o segundo, de 18 de maio, o cardeal Lourenço Pucci autoriza os mesmo frades a viverem independentes dos superiores da Observância, sob a proteção do bispo de Camerino. Foi o que fizeram Ludovico e Rafael, finalmente livres para viver num eremitério "pobrezinho" , o de são Cristóvão de Arcofiato, a cerca de três quilômetros de Camerino. Aí Ludovico amadureceu o projeto de dar vida a uma nova reforma franciscana, enquanto estava todo entregue ao serviço de Deus, e também dos homens, ao menos durante o flagelo da peste que se abateu sobre Camerino pela metade de 1527. Catarina Cybo e Ludovico encontraram-se com o Papa Ludovico, em seu nome e no de seu irmão natural frei Rafael, apresentou ao papa uma humilde súplica em que pedia para:

a) usarem a barba e o hábito que vestiam;
b) poderem viver em lugares solitários sob a proteção dos conventuais, cujo ministro os pudesse visitar uma vez por ano e ao qual eles também deveriam cada ano apresentar-se;
c) poderem eleger um custódio;
d) poderem receber quem quer que fosse, clérigos ou religiosos de qualquer Ordem. Inicialmente os novos reformadores foram chamados de "frades menores de vida eremítica".

          Mas por breve tempo, pois a partir de 1531, o mais tardar, vai ganhando campo a denominação de "capuchinhos" primeiro como "fratres a scapucino" (frades de capuz relativamente pequeno, que os distinguia dos observantes e dos conventuais) , passando depois à forma mais simplificada de "frati cappuccini".